ADA Forsyth Institute: 27 lat badań nad mikrobiomem jamy ustnej
Od blisko trzech dekad w ramach ADA Forsyth Institute – amerykańskiej stomatologicznej instytucji badawczej – prowadzone są innowacyjne prace nad mikrobiomem jamy ustnej. Prowadzi je dr Tsute „George” Chen – mikrobiolog, wykładowca Department of of Oral Medicine, Infection and Immunity na Universytecie Harvarda, który opracował w tym czasie m.in. Human Oral Microbiome Database (HOMD) – globalną bazę danych dotyczącą mikrobiomu jamy ustnej
Dr Tsute „George” Chen związał się z ADA Forsyth Institute 27 lat temu. Za swoje największe osiągnięcie uznaje współtworzenie Human Oral Microbiome Database (HOMD) – bazy danych, która od momentu powstania w 2008 r. stała się kluczowym narzędziem dla badaczy mikrobiomu.
Wspólnie z prof. Floydem Dewhirstem, dr Chen zbudował HOMD od podstaw, zapewniając naukowcom dostęp do starannie opisanych ponad 800 gatunków bakterii występujących w jamie ustnej człowieka. Od chwili uruchomienia baza była cytowana już ponad 5,5 tys. razy w publikacjach naukowych i podręcznikach.
– Cieszę się, że mogłem stworzyć narzędzie, które wspiera badania na całym świecie. Nadal chcę rozwijać analizy danych w badaniach mikrobiomu jamy ustnej – podkreśla dr Chen.
Od laboratorium do bioinformatyki – droga naukowca
Dr Chen dołączył do ADA Forsyth w 1998 r. Początkowo pracował w laboratorium jako mikrobiolog, jednak szybko dostrzegł potencjał bioinformatyki i samodzielnie opanował zaawansowane metody analizy danych.
– Sekwencje DNA stały się fundamentem badań biologicznych, a wielu biologów nie dysponuje narzędziami informatycznymi do ich pogłębionej analizy. Dzięki połączeniu mikrobiologii i umiejętności obliczeniowych mogłem odpowiedzieć na tę potrzebę – wyjaśnia.
Obecnie dr Chen zarządza Oral Microbiome Core w ADA Forsyth, oferując globalnym zespołom badawczym zaawansowane usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS – zaawansowana technologia do szybkiej i dokładnej analizy DNA i RNA, która pozwala na odczyt milionów sekwencji jednocześnie) oraz analizy danych. To on budował i stale udoskonala infrastrukturę komputerową Instytutu, dbając o jej wydajność i efektywność kosztową.
– George jest dla naszej organizacji nieocenionym wsparciem. Jego praca nad HOMD miała ogromny wpływ na rozwój badań na całym świecie – podkreśla dr Wenyuan Shi, CEO ADA Forsyth.
Nowe technologie, nowe możliwości
W ciągu ostatnich lat technologia NGS diametralnie zmieniła tempo i precyzję badań biologicznych. Teraz świat naukowy stoi przed kolejnym przełomem – wykorzystaniem sztucznej inteligencji. Dr Chen zamierza aktywnie uczestniczyć w tych zmianach. Naukowiec planuje dalszy rozwój HOMD oraz poszerzanie usług analizy danych w ramach Oral Microbiome Core, sięgając po narzędzia oparte na AI, które mogą otworzyć zupełnie nowe kierunki badań nad mikrobiomem jamy ustnej.
– Środowisko ADA Forsyth pozwala mi rozwijać infrastrukturę dla analizy danych biologicznych na dużą skalę, przy niskich kosztach i wysokiej efektywności – podsumowuje.
Źródło: https://forsyth.org
